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Un análisis químico-nutricional de los alimentos no siempre basta para definir la calidad nutricional de un alimento, se deben considerar factores adicionales que pueden afectar su consumo y/o biodisponiblidad. Factores antinutricionales, microorganismos y sus productos pueden disminuir la calidad de los alimentos y no siempre son considerados.
Los más comunes factores antinutricionales son los inhibidores de tripsina, lecitinas y compuestos fenólicos, los que son frecuentes de encontrar en leguminosas de grano. En cereales los más comunes son inhibidores de tripsina principalmente en centeno y triticale. Cebada y sorgo pueden contener niveles importantes de compuestos fenólicos como así también las semillas de oleaginosas.
Las micotoxinas, productos del metabolismo secundario de hongo, puede desencadenar cuadros graves de toxicidad cuando las condiciones medioambientales (pH, humedad y temperatura) le son favorables para su producción, siendo la forma más importante de control la prevención mediante la eliminación de condiciones propicias tales como baja humedad, acidificación y anaerobiosis.
Destacan dentro de este grupo de compuestos siete micotoxinas: Aflatoxinas B1, zearalenona, toxina T-2, desoxinivalenol, ocratoxina A, fumonisina y patulina, las que pueden afectar diversos órganos y sistemas (hepatotóxicas, nefrotóxicas, hematotóxicas, neurotóxicas, dermatotóxicas, cancerigenas y gastrotóxicas), siendo producidas por especies de los géneros Fusarium, Aspergillius y Penicillium.
En general se observó una mayor susceptibilidad de animales monogástricos, en los que es muy común observar casos de muertes por micotoxicosis. Los rumiantes se pueden considerar en general más resistentes debido a la capacidad detoxificadora del rumen, donde los protozoos tienen una activa participación. Sin embargo, esta capacidad es limitada pudiendo afectar negativamente los rendimientos y la salud del animal.