El uso de antibióticos y hormonas de crecimiento en el ganado ha sido durante años un tema que ha levantado controversia. La utilización de antibióticos en la cría de ganado es esencial para poder prevenir la generalización de enfermedades en el rebaño, así como sus devastadores efectos. En algunos casos se han añadido antibióticos a los piensos para potenciar el crecimiento. Se ha demostrado que se pueden acumular pequeñas cantidades de residuos en el tejido adiposo, los riñones y el hígado de los animales, pero no se piensa que éstos puedan suponer riesgo alguno para la salud humana.

Se sospecha que el uso de antibióticos en ganado ha sido una de las causas de la aparición de especies de bacterias resistentes a los antibióticos, aunque la causa más común es la inadecuada administración de medicamentos en el tratamiento de la salud humana. Esto, a su vez, ha tenido como consecuencia que algunas enfermedades humanas no puedan tratarse con los antibióticos tradicionales. En marzo de 2002, la UE propuso que se eliminara progresivamente antes del año 2006 el uso de antibióticos como agentes potenciadores de crecimiento.

Se ha alimentado con hormonas al ganado para estimular su velocidad de crecimiento e incrementar la producción de leche en las vacas. La UE prohibió el uso de hormonas de crecimiento en animales en el año 1988, pero esta práctica sigue siendo común en EE.UU., Canadá y Australia. El tema sigue siendo objeto de controversia, especialmente en lo que respecta al comercio internacional de carne de vaca tratada con hormonas.